ct系统采集到图像是2d的投影图像，如果要看到空间的3d结构，必须通过重建的手段来还原。重建是一种3d图像的---手段，重建的尺寸大小在算法上可以人为地去设置。理论上，重建尺寸设置得越小，能得到越高清的图像，但是如果将重建尺寸设置的小于系统的空间分辨率，并没有意义，也不能进一步提高图像，只是将图像增大。所以实际上重建尺寸根据系统的分辨率以及样本扫描目的着情设置就好，比如离体样本时重建尺寸偏小设置，样本时重建尺寸可偏大设置。
显微ct是医学研究的基本仪器，骨分析显微ct，近年来在植物科学方面的应用不断增加。它可以对样品进行无损检测，揭示样品的2d结构和3d结构，是弥合形态学和分子研究差距的理想工具。显微ct在植物方面初用于研究根的发育，后来研究了样品密度和背景有---差异而可以区分的样品，如种子、花结构、维管、叶结构、草酸钙晶体、嫁接结构等。
目前国际上使用的很多研究种子的---技术大多是利用荧光法研究种子活力或其萌发率，这些方法能够高通量地达到某些研究目的，但始终无法得知种皮内部的结构和动态变化过程。
显微ct 可以广泛应用于对植物种子内部结构变化的研究。可以无损地探索不同植物种子腔体、胚和胚乳的变化，评估种子的出芽率和，测量种子内部的三维结构等。
ct成像的原理是当x-射线透过样本时，样本的各个部位对x-射线的吸收率不同。x-射线源发射x-射线，穿透样本，终在x-射线检测器上成像。对样本进行180°以上的不同角度成像。通过计算机软件，将每个角度的图像进行重构，还原成在电脑中可分析的3d图像。通过软件观察样本内部的各个截面的信息；对样本感兴趣部分进行2d和3d的分析；还可以制作直观的3d动画等。
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