骨骼：骨骼是micro-ct 主要的应用领域之一，其中骨小梁又是主要研究对象，骨松质和青皮质的变化与骨质疏松、---、局部缺血和遗传---等病症有关。目前， micro-ct技术在很大程度上取代了破坏性的组织形态计学方法。
牙齿及牙周组织：能够从3d整体结构出发，对管根形态改变、龋1齿破坏、牙组织密度变化、牙槽骨结梅和力学特性的变化等情况进行研究。
生物材料：例如，分析体外制备仿生材料支架的孔隙率、强度等参数，优化支架设计;扫描需要换的组织样晶，microct，获取三维图像后输出为stl文件进行快速成形 (cad/cam) ，等等。
tri 三角测量法（triangulation，tri)是定量分析骨小梁的方法之一，该方法以各种不同形状和尺寸的三角形表示roi表面，然后计算roi内部四面体的体积和三角形的面积。用该方法计算bs/bv比mil方法更为直接，也可以估算tb.n、tb.th、tb.sp、mil椭圆体的方向和各向---程度.该方法的详细内容参见瑞士苏黎世大学发表的论1文：direct three—dimensional morphometric ---ysis of human cancellous bone： microstructural data from spine， femur， iliac crest， ａnd calcaneus. j bone miner res. 1999; 14（7）:1167—1174。
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