提供结构、功能信息：小动物磁共振成像除能显示组织的结构病变外，还能同时无创的进行功能成像，反映组织的不同功能和特征。例如进行磁共振波谱成像可以获得感兴趣区域内源性代谢物的信息，采用弥散张量成像可以获得脑组织中白纸纤维束的走向和完整性等信息。
对运动敏感：小动物磁共振成像对运动---敏感，由于动物不能像人一样自主憋气，因此在对腹部脏器如肝1脏、---等易受呼吸和---搏动影响的脏器进行检测时，需要配合使用呼吸门控和心电门控，小动物mri，以消除图像运动伪影。
不同的是由于动物个体较小，因此需要更高场强的磁共振设备才能获得清晰动物组织脏器结构。---常用的磁共振成像设备场强主流是3.0t、1.5t（t指特斯拉，是描述mri中使用的磁体强度的测量单位，数字越高，强度越强），而小动物磁共振成像设备主磁场强度大多是7.0t、9.4t、11.7t，当然还有主要用于小鼠研究的15.2t的场磁共振设备。磁共振设备的场强越高，扫描速度越快、图像分辨率越高，对于细节的显示越清晰。
血脑屏障通透性检测
模型：8-10周pathogen-free (pf)或germ-free 1(gf)雄性小鼠
显像方式：（6.7-11mbq）11c-raclopride-pet，大200ul剂量，尾静脉注射后动态显像（30分钟）。
意义：pet动态图像显示germ-free状态下小鼠血脑屏障的通透性会增大。
疼痛研究
模型：5只（200-250g）雄性sd大鼠
显像方式：尾静脉注射（500 uci）18f-saxitoxin(stx)10分钟后，静态扫描10分钟。
意义：因神经性疼痛会伴随着电压门控钠离子通道蛋白（navs）的表达上调，所以navs的活1体pet显像为探究疼痛的深层次分子机制带来了曙光。
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